Door:
Nine Pijl, Senior Consultant KTBA
Frank de Bok, microbioloog Mérieux NutriSciences
Dagelijks worden er honderden monsters onderzocht op de aanwezigheid van Listeria monocytogenes en/of het aantal kolonievormende eenheden (kve/g) van deze bacterie. De eisen voor het beheersen van de risico’s die deze bacterie met zich meebrengt en de controle hierop, zijn de afgelopen tijd flink aangescherpt.
De eisen gelden vooral voor kant-en-klare levensmiddelen. Waar dit voorheen alleen producten betrof die niet meer verhit hoeven te worden, gelden ze nu ook voor veel producten die wel nog verhit of opgewarmd dienen te worden, maar waarvoor de kans reëel is dat dit in de praktijk niet goed genoeg gebeurt om het risico te elimineren.
Blijkt een onderzoek op een voedselveiligheidscriterium positief? In dit geval wordt verlangt van de producenten dat isolaten, verkregen bij dat onderzoek, bewaard worden zodat kunnen worden opgevraagd door controlerende instanties. Dit op basis van het Besluit zoönosen van de Nederlandse overheid. In dit besluit staat: ‘bewaar de onderzoeksgegevens en de relevante isolaten gedurende twee jaar’. Dit geldt voor Listeria monocytogenes, gevonden in zowel producten als bij het omgevingsonderzoek.
Deze eis niet nieuw, maar gezien de huidige problematiek rond Listeria zal hier in de praktijk meer gebruik van worden gemaakt. De autoriteit kan hier namelijk ‘Whole Genome Sequencing’ op toepassen om te beoordelen of er een verband is met ziektegevallen waarvoor de informatie door het RIVM aangeleverd wordt. Sinds 2018 zijn WGS signalen actief aan het toezicht toegevoegd. Het RIVM en de autoriteit houden elkaar wekelijks op de hoogte van informatie die nuttig kan zijn. Het RIVM laat weten of er een actieve uitbraak is, de autoriteit laat weten of en wanneer er problemen lijken te zijn met een product of producent.
Let op: het is níet vanzelfsprekend dat laboratoria isolaten bewaren. Bijvoorbeeld doordat zij niet weten in welk kader een onderzoek wordt uitgevoerd of doordat zij niet weten of het daadwerkelijk een verplichte controle op een voedselveiligheidscriterium betreft. De producent is dus zélf verantwoordelijk om dit aan te geven. Het is dus goed om hier afspraken over te maken met het laboratorium waarmee u samenwerkt.
Door het toepassen van ‘Whole Genome Sequencing’ en de daaruit voortvloeiende resultaten is er nu meer aandacht voor omgevingscontrole en schoonmaak bij inspecties. Maar niet alleen de autoriteit kan iets met WGS. U kunt zelf ook een vergelijkend onderzoek door middel van ‘Whole Genome Sequencing’ laten uitvoeren. WGS betekent dat de volledige genoom sequentie van een organisme in kaart wordt gebracht wordt. Hiermee wordt bedoeld de volgorde van de nucleotiden (A, T, C, G) waaruit het genoom opgebouwd is. Dit levert zeer veel informatie op over de isolaten (waaronder ook over mogelijke resisitentie tegen desinfectiemiddelen of antibiotica en over de virulentie van het isolaat en diens gevaar). De genoom sequentie van Listeria monocytogenes bestaat uit ongeveer drie miljoen nucleotiden. Met WGS is het mogelijk om zelfs een verschil van één nucleotide in de sequenties van twee isolaten aan te tonen!
WGS wordt daarom in toenemende mate in overweging genomen voor toepassing in de voedingsindustrie. De technologie biedt namelijk enorme voordelen en beloften voor het verbeteren van de voedselkwaliteit en- veiligheid. Een belangrijk en onmiddellijk voordeel voor de voedingsindustrie is een verbeterde oorzaakanalyse bij een ziekteverwekker of bederf. WGS kan bijvoorbeeld helpen om te achterhalen of een organisme zich heeft weten te nestelen in de productieomgeving, maar ook om vervolgens aan te tonen dat deze via een specifieke grondstof binnenkomt. Vaak blijkt dat er sprake is van één of meerdere huisstammen die zich vanuit één of meerdere hotspots steeds weer weten te verspreiden.
Naarmate de kosten van sequencing afnemen met technologische verbeteringen, is het voor de industrie beter haalbaar om het te gebruiken. Een aanzienlijk goedkoper alternatief is typering met behulp van methoden waarbij alleen naar lokale verschillen in genoom sequenties gekeken wordt. Een voorbeeld van zo’n techniek betreft de Multi Locus Sequence Typing (MLST). Dit is een soort gouden standaard om isolaten van ziekteverwekkers zoals Listeria en Salmonella met elkaar te vergelijken. Met deze techniek wordt een aantal ‘huishoudgenen’ in de verschillende isolaten van het doelorganisme met elkaar vergeleken nadat de basenpaarvolgorde (‘sequentie’) hiervan bepaald is. De methode zoomt dus als het ware in op kleine stukjes van het genoom van het doelorganisme, maar in de praktijk is dit vaak al voldoende om aan te tonen of isolaten van dezelfde bron afkomstig zijn of niet. Eén van de voordelen van deze techniek (ten opzichte van vergelijkbare technieken) is dat de isolaten vergeleken worden met isolaten in publiek toegankelijke databases waarin de MLST profielen (of ‘sequence types’) van heel veel isolaten opgeslagen zijn. Laboratoria die MLST toepassen voeren deze methode daarom ook bijna altijd uit op dezelfde manier waarop dit gebeurd is met de isolaten in deze databases.
Als het voor een producent echt heel belangrijk is om aan te tonen dat er een verband is tussen twee isolaten (bijvoorbeeld om een relatie tussen een geval van Listeriose en een besmet product aan te tonen), ontkomt men niet aan WGS. MLST wordt vaak gebruikt als eerste screening om een hele serie met elkaar te vergelijken, maar als daaruit bijvoorbeeld blijkt dat een isolaat steeds via één bepaalde grondstof in een fabriek terechtkomt, kan het nodig zijn om dit te bevestigen met WGS. In de nabije toekomst zal MLST deze techniek waarschijnlijk vervangen door ‘whole genome MLST’ (wgMLST), een variant die voorafgaand aan WGS toegepast wordt. De vergelijking richt zich dan vervolgens op een veel groter aantal genen wat het onderscheidend vermogen vele malen groter maakt. De resultaten van klassieke MLST techniek zijn dan nog steeds te gebruiken zodat men ten behoeve van de vergelijking niet alle isolaten opnieuw hoeft te laten onderzoeken. Voor de meeste andere technieken die nu gebruikt worden als alternatief voor MLST is dat vaak wel het geval.
